中医科是北京医大中西医结合医院特色科室之一，主要运用中医独特的阴阳五行、整体辨证、藏象气血理论，以理、法、方、药为手段，辅以现代医学方法，对内、外、妇、儿、皮肤等多科多系统疾病进行“标本同治、防治结合”的治疗，充分发挥中医药优势，为百姓提供优质医疗健康服务。

科室综合运用中医药、针灸、艾灸、拔罐、刮痧、穴位埋线、刺血疗法、耳穴压豆、穴位贴敷、推拿、药浴、熏蒸等中医特色疗法，结合现代诊疗技术，治疗各种慢性病、常见病、多发病及疑难杂症。

中医科现开设了五大中医特色诊疗：健康调理(中医养眠、中医减重调脂)、慢病管理(糖尿病、痛风、高尿酸血症、脑卒中后遗症)、妇科调理(中医调经养血、中医促孕)、儿科调理(小儿鼻炎、脾胃养护)、皮肤调养(中医皮肤调理)，突出经方汤剂与针灸结合的运用，结合其他中医特色疗法，辨证施治，对于常见的中西医结合优势病种坚持中医辨证与西医辨病相结合的诊疗方法，疗效显著。